Eğitimini Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi ile York Üniversitesi’nde tamamladı. İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nde ve Kadın Sorunları Araştırma Merkezi’nde dersler verdi.

1994-1995 yılları arasında Kadın Sorunları Bakanlığı Danışmanlığı yapan Berktay, BM Pekin Kadın Konferansı ve AP Kadın Erkek Eşitliği Komitesi’nde Türkiye’yi temsil etti. Ayrıca birçok kadın hakları vakfında görev aldı.

“Tek Tanrılı Dinler Karşısında Kadın” adlı kitabı AB önderliğinde yürütülen ve kadın hakları konusunda en çok etki eden beş kitabın seçildiği Fragen projesinde Türkiye alt başlığı altında yer aldı ve “Women and Religion” adıyla İngilizceye çevrilerek araştırmalarda referans olarak kabul edildi. Kadın Olmak Yaşamak Yazmak, Dünyayı Bugünde Sevmek, Tarihin Cinsiyeti ve Politikanın Çağrısı kitaplarının da yazarı olan Fatmagül Berktay’ın yeni kitabı 2021 sonunda raflarda olacak.